Skrīveru Zinātnes centra pirmsākums ir 1946. gadā dibinātais Latvijas ZA Augsnes zinību un zemkopības institūts. 1956. gadā uz šī institūta bāzes izveidoja Latvijas Zemkopības zinātniskās pētniecības institūtu (LZZPI), kura administratīvā, zinātniskā un saimnieciskā vadībā strādāja Stendes, Priekuļu, Mežotnes, Viļānu, Lejaskurzemes selekcijas stacijas un Skrīveru izmēģinājumu saimniecība. Laikā no 1973.- 1987. gadam institūta nosaukums bija Latvijas Zemkopības un lauksaimniecības ekonomikas zinātniskās pētniecības institūts. 1988. gadā ekonomikas pētījumu virziens atdalījās un no šī laika institūta nosaukums bija Latvijas Valsts zemkopības zinātniskās pētniecības institūts ‘Agra’. 1997. gadā tika noslēgts integrācijas līgums ar Latvijas Lauksaimniecības universitāti un saskaņā ar Ministru Kabineta Rīkojumu Nr. 498 no 1998. gada 1. janvāra bijušā institūta nosaukums bija Valsts bezpeļņas zinātniskais uzņēmums ‘Skrīveru Zinātnes centrs’. Ar LLU Senāta lēmumu Skrīveru Zinātnes centrs 2004. gada oktobrī tika reorganizēts par LLU aģentūru ‘Zemkopības zinātniskais institūts’.